สมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระราชมารดาของเจ้าชายโจอาวเสด็จสวรรคตในวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2359 สิริพระชนมายุ 81 พรรษา พระสวามีจึงได้ครองราชย์สืบค่อในพระนาม พระเจ้าโจเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกสและพระนางจึงได้เป็นสมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส เมื่อพระราชวงศ์โปรตุเกสได้เสด็จนิวัติโปรตุเกสในปีพ.ศ. 2364 หลังจากออกจากประเทศมานานถึง 14 ปี พระนางการ์โลตา โฆอากินาทรงพบกับประเทศซึ่งเปลี่ยนแปลงไปมากนับตั้งแต่ออกเดินทาง ในปีพ.ศ. 2350 โปรตุเกสยังคงอยู่ในการปกครองแบบสมบูรณาญาสิทธิราชย์อย่างมั่นคง กองทัพของนโปเลียนและทัศนะทางการเมืองได้ถูกควบคุมโดยกลุ่มคาดิซคอร์เตสในสเปนซึ่งได้นำแนวคิดการปฏิวัติมาสู่โปรตุเกส ในปีพ.ศ. 2363 เกิดการปฏิวัติเสรีนิยม พ.ศ. 2363ที่ตั้งต้นในโปร์ตู รัฐธรรมนูญโปรตุเกสคอร์เตสได้มีการบังคับใช้ และในปีพ.ศ. 2364 ได้นำมาซี่งรัฐธรรมนูญฉบับแรก สมเด็จพระราชินีทรงเป็นผู้นำในกลุ่มอนุรักษนิยมและทรงต้องการให้นักปฏิกิริยาฝ่ายขวาออกมาเคลื่อนไหว พระมหากษัตริย์ได้รับการปฏิญาณต่อรัฐธรรมนูญในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2365 ทรงยอมจำนนด้วยพระราชอำนาจที่หลากหลาย สมเด็จพระราชินีการ์โลตา โฆอากินาทรงปฏิเสธที่จะดำเนินการปฏิญาณตามพระราชสวามี และดังนั้นพระนางจึงถูกยึดพระราชอำนาจทางการเมืองและทรงถูกถอดถอนออกจากพระอิศริยยศ "สมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส" รัฐธรรมนูญในทางเสรีนิยมที่ซึ่งให้พระมหากษัตริย์ทรงถวายสัตย์ปฏิญาณได้มีผลบังคับใช้เพียงไม่กี่เดือน ไม่มีประชาชนหรือผู้ใดในโปรตุเกสสนับสนุนลัทธิเสรีนิยม และมีการเคลื่อนไหวเพื่อเรียกร้องสมบูรณาญาสิทธิ์มากขึ้น พระนางการ์โลตา โฆอากินาทรงสร้างสัมพันธภาพที่ดีกับพระราชโอรสองค์สุดท้อง เจ้าชายมีแกลแห่งโปรตุเกส ผู้ซึ่งทรงมีแนวคิดทางการเมืองแบบอนุรักษนิยมในแนวทางพระราชมารดา ทรงได้รับการสนับสนุนจากพระมารดา พระนางการ์โลตา โฆอากินา ให้ก่อการกบฏที่รู้จักในชื่อ วิลลาฟรานคาดา โดยมีความตั้งใจที่จะสถาปนาสมบูรณาญาสิทธิราชย์ พระเจ้าโจอาวทรงเปลี่ยนพระทัยเห็นมาสนับสนุนพระโอรสเพื่อหลีกเลี่ยงการถูกปลดออกจากราชบัลลังก์ ซึ่งเป็นความปรารถนาสูงสุดในกลุ่มของพระราชินี สมัยแห่งสมบูรณาญาสิทธิ์ได้มีการฟื้นฟู พระราชอำนาจและพระอิศริยยศของสมเด็จพระราชินีได้รับการฟื้นคืนอีกครั้ง

เจ้าชายมีแกลทรงก่อการกบฏเมษายน หรือ Abrilada ต่อพระราชบิดาจากการสนับสนุนจากพระนางการ์โลตา โฆอากินา โดยกองทหารรักษาการณ์ในลิสบอนในวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2367 กลุ่มกบฏได้อ้างว่าเพื่อต้องการกำจัดองค์กรฟรีเมสันและป้องกันพระมหากษัตริย์จากแผนการลอบปลงพระชนม์ของพวกฟรีเมสันที่ซึ่งทำการต่อต้านพระองค์ แต่พระเจ้าโจอาวกลับทรงถูกนำพระองค์มาเพื่อคุ้มครองในพระราชวังเบ็มโปสตา นักการเมืองจำนวนมากที่เป็นศัตรูกับเจ้าชายมีแกลยังคงถูกจับกุมอยู่ที่ไหนสักแห่ง พระประสงค์ของเจ้าชายทรงต้องการขู่ให้พระราชบิดาสละราชบัลลังก์ มีการตื่นตัวถึงสถานการณ์ คณะเจรจาฝ่ายทหารได้ควบคุมและเข้าไปยังพระราชวังเบ็มโปสตา ได้บอกให้พระมหากษัตริย์ไม่ให้ทำการต่อต้านมาก และได้ฟื้นฟูอิสรภาพของพระมหากษัตริย์ ในวันที่ 9 พฤษภาคม จากคำปรึกษาของคณะทูตที่เป็นมิตรกัน พระเจ้าโจอาวทรงแสร้งที่จะเสด็จประพาสเมืองคาซิเอส แต่ในความเป็นจริงพระองค์เสด็จไปหลบภัยในเรือรบของอังกฤษที่ซึ่งเทียบท่ารอพระองค์อยู่ พระองค์มีพระราชวินิจฉัยจากเรือเฮสเอ็มเอส วินเซอร์ คาสเซิลทรงกล่าวประณามพระโอรส มีพระบรมราชโองการปลดพระโอรสออกจากตำแหน่งสั่งการในกองทัพ และให้พระโอรสปล่อยนักโทษทางการเมือง เจ้าชายมีแกลทรงถูกเนรเทศ ด้วยการที่กลุ่มกบฏถูกกำจัด ทั้งกลุ่มเสรีนิยมและกลุ่มสมบูรณาญาสิทธิ์ได้ออกมายังถนนเพื่อเฉลิมฉลองการดำรงอยู่ของรัฐบาลที่ถูกต้องตามกฎหมาย[13] ในวันที่ 14 พฤษภาคม พระมหากษัตริย์เสด็จกลับพระราชวังเบ็มโปสตา มีพระบรมราชโองการแต่งตั้งสภารัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่งและทรงแสดงความเมตตาต่อผู้ที่เคยร่วมก่อการกบฏ แต่ก็ยังไม่มีการเตือนพระราชินีจากการก่อการสมคบคิด ตำรวจได้ค้นพบแผนการกบฏต่อไปในวันที่ 26 ตุลาคม และเป็นหลักฐานที่พระเจ้าโจอาวมีพระบัญชาให้จับกุมพระมเหสีโดยกักบริเวณแต่ในพระตำหนักที่พระราชวังหลวงเกลุช

พระเจ้าโจอาวทรงประทับที่พระราชวังเบ็มโปสตาและพระราชินีการ์โลตา โฆอากินาทรงประทับในพระราชวังหลวงเกลุช อย่างไรก็ตามพระนางทรงดำรงพระชนม์ชีพอย่างเงียบๆ พระนางกลายเป็นบุคคลที่มีพฤติกรรมและการฉลองพระองค์ที่แปลกประหลาดอย่างไม่ต้องสงสัย อย่างไรก็ตามพระราชโอรสพระองค์โตของทั้งสองพระองค์ เจ้าชายเปโดรแห่งโปรตุเกส ซึ่งทรงเป็นผู้สำเร็จราชการในบราซิล ทรงประกาศเอกราชบราซิลและราชาภิเษกในวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2365 ด้วยพระอิศริยยศ "จักรพรรดิ" พระเจ้าโจอาวที่ 6 ทรงปฏิเสธที่จะยอมรับจนกระทั่งทรงถูกทำให้คล้อยตามโดยอังกฤษในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2368 พระเจ้าโจอาวที่ 6 เสด็จสวรรคตในวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2369 พระนางทรงอ้างพระอาการประชวรของพระนางเองเพื่อปฏิเสธที่จะเข้าเฝ้าพระสวามีบนแท่นบรรทมเป็นครั้งสุดท้ายและมีข่าวลือว่าพระสวามีของพระนางทรงถูกวางยาพิษโดยองค์กรฟรีเมสัน

จักรพรรดิเปโดรแห่งบราซิลซึ่งได้กลายเป็น พระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสโดยชอบธรรม แต่ทรงตระหนักว่าการประกอบพระราชกรณียกิจในทั้งสองประเทศนั้นเป็นสิ่งที่เป็นไปไม่ได้ พระจักรพรรดิเปโดรจึงทรงสละราชบัลลังก์โปรตุเกสแก่พระราชธิดาพระองค์โตเป็น สมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 2 แห่งโปรตุเกสและทรงหมั้นหมายพระราชธิดากับพระอนุชาของพระองค์ เจ้าชายมีแกลแห่งโปรตุเกส ในระหว่างนั้น พระราชธิดาพระองค์หนึ่งในพระนางการ์โลตา โฆอากินา เจ้าหญิงอิซาเบล มาเรียแห่งโปรตุเกสได้เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์แทนที่พระนางการ์โลตา โฆอากินา ผู้ซึ่งได้รับพระอิศริยยศ "สมเด็จพระพันปีหลวง" เพียงสองปีในรัชกาลของสมเด็จพระราชินีนาถซึ่งยังทรงพระเยาว์ พระปิตุลาซึ่งเป็นพระคู่หมั้นด้วยได้เสด็จมาถึงที่ยิบรอลตาร์จากนั้นเจ้าชายมีแกลไม่เพียงทรงกระทำการถอดถอนพระเชษฐภคินีออกจากตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแผ่นดินกลับทรงประกาศพระองค์เแงเป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสและทรงทำการถอดถอนพระราชินีนาถผู้เป็นพระนัดดาออกจากพระราชบัลลังก์

สมเด็จพระพันปีหลวงการ์โลตา โฆอากินาสิ้นพระชนม์ ณ พระราชวังหลวงเกลุช นอกซินทรา ในวันที่ 7 มกราคม พ.ศ. 2373 ได้มีการประกาศว่าพระนางสิ้นพระชนม์ด้วยสาเหตุทางธรรมชาติแต่ในความเป็นจริงแล้วพระนางทรงก่ออัตวินิบาตกรรม สิริพระชนมายุ 54 พรรษา